样品应至少稀释 2 倍,以避免出现称为“样品基质效应"(SME) 的现象,这是非线性稀释响应和不准确数据的常见原因。当样品中的蛋白质或其他成分影响抗体与其靶分子结合的能力时,就会发生这种情况。例如,蛋白质可能与目标分子结合,从而阻断抗体的结合位点(图 4A)。中小企业是已知和未知原因的结果。然而,通过适当的样品稀释,基质效应可以忽略不计(图 4B)。最佳稀释度会根据样品类型、实验和目标分子而有所不同;因此,在运行整个实验之前,用一些样品优化实验条件非常重要。一种可能不需要稀释的样品类型是尿液,因为它的蛋白质含量非常低。
对于血清和血浆以外的样品,样品稀释前的原始总蛋白浓度应至少为 1 mg/ml。然而,建议总蛋白浓度高于 2 mg/ml 以改善信号。这些浓度不包括可与条件培养基样品一起使用的任何血清(例如胎牛血清)。重要的是,使用浓度低于 1 mg/ml 的条件培养基样品仍可实现阵列上的高信噪比,因为上清液的蛋白质含量低于细胞和组织。个体之间血清和血浆中的蛋白质浓度范围很窄,平均总蛋白质浓度约为 70 mg/ml。
不同的细胞和组织含有不同量的蛋白质。因此,加载到阵列上的细胞、组织和样品的量必须凭经验确定。尽管如此,良好的起点是:每 100 万个细胞或 10 mg 组织使用 500 µL 裂解缓冲液,在 100 mm 组织培养板中接种约 100 万个细胞,并培养 5 天作为培养基样品。
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